El 13 de agosto de 1980, se fundó la Marina de Guerra Sandinista (MGS), como una necesidad de proteger los espacios marítimos nicaragüenses, denominándosele antes de esta fecha Sección Naval, adscrita a las Tropas Guarda Fronteras.

En la década de los años 80, se adquirieron de los gobiernos de la Unión de Repúblicas Socialistas Sovieticas, Francia, España y Corea del Norte, unidades de superficie de los tipos Vedette, Griff, Barreminas, Coreanas, Aist y radares de exploración costera, así como aparatos de exploración lumínicos, lo que fortaleció la seguridad marítima en el cumplimiento de misiones de defensa de las fronteras, protección de objetivos estratégicos, transporte y apoyo a la población civil durante los desastres naturales.

Desde 1980 se inició la preparación del cuerpo de oficiales y sargentos, en las academias navales y escuelas de preparación de especialistas menores en Cuba, Corea del Norte y la URSS.

En octubre de 1988, la Marina de Guerra tuvo una participación destacada en el auxilio, evacuación y protección de la población del Caribe nicaragüense, que fue afectada por el paso del huracán Joan.

Posteriormente, en la década de los años 90, se amplió la cooperación con becas a otros países: España, Rusia, Corea del Norte, México, Francia, Cuba, Estados Unidos de América, Argentina, Perú,  Canadá y Suecia.

En 1990 la Marina de Guerra Sandinista, ante los cambios estructurales del Ejército Popular Sandinista, pasó a denominarse Fuerza Naval del Ejército Popular Sandinista y en 1995 tomó el nombre de Fuerza Naval del Ejército de Nicaragua.